В докторантуре Института сельского хозяйства и агротехнологий Каракалпакстана готовятся кадры по следующим направлениям.
Селекция и семеноводство;
Защита растений;
Овощеводство;
Мелиорация и орошаемое земледелие;
Агрохимия;
Хранение и переработка сельскохозяйственной продукции;
Растениеводство;
Общее земледелие. Хлопководство;
Плодоводство и виноградарство;
Землеустройство, кадастр и мониторинг земель;
Частная зоотехника. Технология производства животноводческой продукции;
Шелководство;
Интродукция, технология выращивания и агрофармакоэкология лекарственных растений;
Лесные культуры. Селекция, семеноводство и озеленение городов. Агромелиорация лесов и создание защитных лесов;
Мелиоративные машины сельского хозяйства. Механизация сельскохозяйственных и мелиоративных работ;
Экономика сельского хозяйства;
Экология;
Туповедение;
Гидробиология